¿El representante legal de la asociación puede autorizarnos para que consultemos en Hacienda la deuda que nos atribuyen?

Sí puede emitir esa autorización. El problema puede estar en que la Administración considere que un posible escrito de autorización no es suficiente, salvo que la autorizacíón se otorgue ante el mismo funcionario o en documento público. En todo caso, entiendo que no debe existir ningún problema para que vuestra Administración o Delegación de la AEAT os informe simplemente del motivo por el que el certificado sale negativo (es muy posible que sea debido a algún modelo que la Agencia considere que debíais haber presentado y no lo habéis hecho, por ejemplo alguna declaración censal (modelo 036) o al modelo 347 de operaciones con terceros).

Saludos.

Juan González Martín-Palomino.

*El tema está en conocer si ese representante legal, se refiere a un asesor o al Presidente de la Asociación.
De todas formas, con las escrituras de contitución y certificado del registro de asociaciones, si no es el Presidente, el Vicepresidente, o Tesorero o Secretario, puede llegarse a Hacienda y han de explicarle el por qué del certificado negativo.
Salvo mejor opinión*

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Muy agradecida por vuestras rápidas respuestas. Saludos a todos