¿Es mejor tener a un trabajador como autónomo o como trabajador por cuenta ajena de la asociación?

Las dos opciones serían válidas, pero hay que coger la que más se ajuste a la naturaleza del trabajo desarrollado. Si se dan las notas de dependencia, habitualidad y ajeneidad, pues estaríamos ante una relación laboral de dependencia (trabajador por cuenta ajena), pero si no se dan esas notas, porque la persona que desarrolla esas tareas, lo haga sin un horario determinado, por ejemplo, y organizándose él, pues no estaríamos ante una relación laboral sino ante una prestación de servicios.

Saludos.

Juan González Martín-Palomino.

La posición de la Asociación también es diferente, porque en caso de establecer una relación laboral ha de ser mediante un contrato, elaboración de nóminas, retención y liquidación de IRPF y Seg. Social
En el caso de trabajador autónomo, sus obligaciones se limitan a pagar las facturas que le presente y hacer retención de IRPF que luego deberá liquidar trimestralmente, aquí la carga va para el profesional que realiza los trabajos, quien deberá darse de alta, liquidar el IVA, Seguridad Social, etc.
Como dice la respuesta anterior, depende de la regularidad con que estos trabajos se hagan y si la persona que los hace ya es autónomo.