¿Estamos obligadas las Fundaciones a facturar a través de factura electrónica a las administraciones?

Salvo mejor opinión, a partir del 15 de enero de 2015 las únicas excepciones a la obligación de que los proveedores de las Administraciones Públicas emitan facturas electrónicas son las siguientes:

a) Las entidades públicas empresariales estatales y los organismos asimilados dependientes de las Comunidades Autónomas y Entidades locales.

b) Las sociedades mercantiles en las que más del 50% del capital social pertenezca directa o indirectamente a una administración pública.

Pueden consultar al respecto la siguiente dirección web:

http://www.facturae.gob.es/que-desea/Paginas/administraciones-publicas.aspx#dt2

Espero que esta respuesta les sea de utilidad.