Por unas obras en la entidad la empresa deduce un porcentaje de garantía y no aplica IVA ¿Es correcto?

En principio, quien tiene que determinar si es correcto o incorrecto excluir esa cantidad de la base imponible es la empresa constructora, sobre todo teniendo en cuenta que para vosotros es un menor IVA soportado. Si se excluye ese importe de la base imponible, entiendo que vosotros no debéis contabilizar ningún tipo de retención, pues es de suponer que cuando abonéis ese importe la empresa emitirá otra factura, con el IVA correspondiente, que será cuando debáis contabilizar.

Saludos.

Juan González Martín-Palomino.