¿Tiene beneficios fiscales pagar cuotas a una plataforma de asociaciones por ser miembro de ésta?

Hay que distinguir dos casos.
Si el beneficiario de la donación esta acogido a los incentivos fiscales de la Ley 49/02, o no.
Si es afirmativo, (si Ley 49) en sede del donante la donación no es deducible como gasto, pero a la hora de liquidar el impuesto de sociedades, se practica una reducción del 35% sobre lo pagado.
Si es negativo (no ley 49), el donativo en sede del dónate se contabiliza como un gasto.
En general la primera situación es la más ventajosa, pero habría que conocer muy bien las cuentas de unos y otros para conocer qué situación es fiscalmente más rentable.

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Es probable que a la plataforma le sea más favorable, pero habría que ver la situación jurídica y contable de ambos. Es correcto como dice Jose Antonio.
Si vosotros estais declarados de utilidad pública, lo más probable es que os sea indiferente la manera de declararlo.