¿Es ético que una ONG forme parte de la estructura administrativa del Estado o de una CA?

La solución a tu pregunta la puedes encontrar en el Código Ético y de Conducta de la Asociación Mundial de ONGS
http://www.wango.org/codeofethics/COESpanish.pdf
En mi opinión más que un tema ético se trata de un asunto de legalidad, pues cada Ministerio y cada Consejería de las Comunidades Autónomas regulan sus estructuras administrativas. Como funcionario no he visto nunca una ONG como parte de una estructura administrativa.