¿Cómo se gestionan varias delegaciones? ¿cuál es el protocolo a seguir?

Que una asociación esté extendida por toda España y tenga delegaciones en varias comunidades autónomas es lo más normal del mundo.
El cómo hay que organizarse es decisión de la Asamblea General: si hay un presupuesto general o un presupuesto por delegaciones. En cada delegación puede haber un representante, e incluso una junta de delegación; los poderes que se le otorguen a ese representante deben estar regulados en un poder o en los Estatutos y reglamento de régimen interno de la asociación.
En general, para evitar problemas, lo habitual es que el representante
a) pueda hacer escritos, presentar solicitudes, etc.
b) pero que ese poder requiera una firma adicionalde la sede central para tomar cualquier decisión más importante (abrir cuentas, firmar convenios, ...)

Por lo demás (se me olvidaba) la apertura o cierre de las delegaciones debe ser comunicada al registro de asociaciones del ministerio del interior