En la realización del presupuesto de un proyecto desearía saber qué partidas se pueden incluir como aportaciones en especie.

Tengo entendido y lo he hecho así que las donaciones en especies las registras contra facturas en tu contabilidad. Para el presupuesto no se puede planificar, salvo que ya tengas claro cuánto vas a recibir en donaciones en especie. Y para el informe llevas un libro contable aparte para registrarlas todas y las sumas anualmente. Es posible que también existan otras soluciones.

Cuando se elabora el presupuesto de un proyecto y hay una contrapartida en especie lo que hay que hacer es cuentificar la especie a precios del mercado y colocar el valor de la cuantificación.
No todas las personas saben cuantificar las especies porque son de diferentes rubros por ejemplo cuando se coloca al servicio de un proyecto una oficina dotada con todos los servicio, aquí har que cuantificar el arriendo, los servicios públicos, secretaria etc. independientemente si se aportará este costo al proyecto hay que cuantificarlo para saber el costo real del proyecto.

Como aportaciones en especie entiendo aquellas cosas que son tangibles, que forman parte de la aportación al proyecto, pero que hay que darles una valoración económica real, para así ver el coste total del proyecto.
Estas aportacioen en especies puden ser: un coche, medicinas, alimentos, material escolar, libros, ordenadores, etc.