Para facturar un taller puntual sirve un recibí en el que se retenga IRPF ¿Es correcto?

Estimada Gloria, efectivamente es como te informan en la Gestoría. Simplemente tienes que firmar un recibí en el que te retengan el IRPF (como imagino que estamos hablando de rendimientos abonados entre el 1 de septiembre de 2012 y el 31 de diciembre de 2014 el porcentaje es del 21%).
Luego, la entidad a la que factures tiene ingresar esa retención en la Agencia Tributaria (seguro que ya saben hacerlo). Es muy importante que lo registren como rendimiento del trabajo y no como servicios de profesionales.
En lo referente al IVA no es correcto. Como lo que se emite es un recibo, no una factura, no tiene sentido que compute IVA. Piensa que lo que te pagan es un redimiento del trabajo, algo así como si estuvieras contratada por la entidad en un régimen especial para ponentes y el trabajo nunca lleva IVA.
Te dejo un post sumamente interesante sobre el tema: http://fandelapyme.wordpress.com/2013/03/20/como-cobrar-correctamente-la-imparticion-de-un-curso-o-conferencia/

Perdón, acabo de releer tu pregunta y veo que la gestoría no te ha informado del todo bien. *El recibo no tiene que llevar número de factura, *evidentemente. Si no es una factura no tiene que llevar su numeración. El recibo puede tener un número (o no) en función de cómo lo quiera organizar el pagador.