¿Podemos aplicar esta retención en la factura de este servicio?

Hola:

Somos una fundación e impartimos un programa educativo en institutos de secundaria. Estamos exentos de declarar IVA. En cada instituto les facturamos una cantidad simbólica por implementar del programa educativo.

Hasta ahora, ningún instituto nos había pedido que aplicásemos ninguna retención en factura. Pero ahora nos los han pedido, diciendo que la Consejería de Educación les obliga.

¿Estamos obligados realmente a aplicar esa retención en la factura? Si estamos obligados, ¿podremos deducir esa retención en el impuesto de sociedades?

Gracias.