¿Podemos cobrar por los servicios que hace nuestra ONG? ¿Cómo se facturan?

¿Puedes explicarlo un poco más?
En primer lugar deberías daros de alta en IAE, a partir de ahí podeis hacer facturas repercutiendo el IVA y liquidarlo trimestralmente, sumando el IVA que habeis cobrado y restando el que habeis pagado. En Enero se presenta un resumen mensual.
Hay más obligaciones contables y fiscales, pero eso ya es más otro tema.

Una entidad sin ánimo de lucro puede realizar actividades económicas y cobrar por ellas siempre que guarden relación con su objeto social y se reinvierta en los fines sociales el posible beneficio.

El desarrollo de estas actividades tendrá distintas implicaciones fiscales, principalmente en el IVA y en el Impuesto sobre Sociedades.

En el IVA, salvo supuestos de exención, deberá reperciturse el impuesto mediante la correspondiente factura y cumplir con las obligaciones inherentes a este impuesto: presentar declaraciones periódicas y resumen anual y llevanza de los libros registro de facturas emitidas y facturas recibidas.

En el Impuesto sobre Sociedades, el posible beneficio deberá someterese a tributación sin posibilidad de exención, salvo que la entidad esté acogida a la Ley 49/2002 (principalmente para fundaciones y asociaciones declaradas de utilidad pública).

Saludos.

Juan González Martín-Palomino.