Prestar servicios para una federación

Lo que usted plantea es totalmente legal y ajustado a derecho.
La legislación que lo regula es abundante y dispersa, pero está contenida en el Código de Comercio, Ley Orgánica del derecho de asociación, Ley General Tributaria, Ley de Haciendas locales al regular el Impuesto de Actividades económicas, y otras muchas normas de derecho positivo concurrentes con las anteriores que sería muy largo enumerar.
Pero, aunque sea legal, no es económicamente aconsejable. Sera mucho mejor que en lugar de que las asociaciones federadas emitan una factura a la federación, la federación les de un donativo por el importe de sus servicios, y así ni la federación ni las asociaciones tributan, o si lo hacen seri en un importe muy reducido.
Por el contrario, si las asociaciones le emiten factura todas ellas deben causar alta en IAE y en el censo de la AEAT como empresarias, y al considerárseles como una empresa tendrán mas obligaciones formales y obligación de liquidar/tributar por IVA e Impuesto de Sociedades.
No obstante, lo anterior, le aconsejo que consulte lo anterior con un asesor fiscal de su confianza que después de un estudio detallado de la situación aconseje lo más conveniente para todos ustedes, pues el consejo que yo le doy puede ser el acertado, pero para decirlo con rotundidad necesito conocer muchos más datos.
Saludos.