¿Qué legislación regula los acuerdos o convenios de cooperación entre ONG?

No existe ninguna normativa al respecto. Las asociaciones pueden dotarse de los instrumentos adecuados para la consecución de sus fines, incluidos los convenios. La única limitación la establece vuestros propios estatutos, que probablementer no prohiben una iniciativa en ese sentido. Eso sí, poned especial detalle, al hecho, de que los compromisos establecidos no os supongan merma a vuestra indenpendencia y capacidad de obrar.