¿Se puede restituir la documentación por otra que sea válida en caso de auditoría del IGAE?

Buenos días. Mi criterio es el siguiente. Depende en la situación en la que el expediente se encuentre dentro de la IGAE. Y obviamente de la importancia de las modificaciones y el efecto resultante. Con los datos que aportas no puedo darte mi opinión completa, pero ten en cuenta:
1.- Si modificas algo sin haber informado te puedes encontrar en aspectos que están tipificados en la Norma.
2.- Depende de la situación del expediente y de los errores, o en su caso irregularidades, que se hayan cometido.
3.- Documenta todo lo ocurrido y en su caso, comunicalo a la IGAE.
4.- En definitiva, el tema es complicado y puede tener un coste elevado si no actuas con la debida diligencia.

Espero haberte ayudado.
Saludos
Javier Marco