¿Presentando una carta de dimisión al presidente basta para que legalmente esta se reconozca?

Por aclarar un poco más la respuesta:
En principio, a tus efectos personales, la renuncia FEHACIENTE es válida. Para que sea fechaciente, el escrito de renuncia debe ser sellada con el sello de la asociación, y con la fecha de la recepción. Si hay algún problema o si ves que va a haber alguna dificultad, se envía un burofax con certificación de texto y asunto concluido.
Otra cosa es que la entidad de curso con diligencia a esa renuncia. Es la entidad la que tiene que comunicar al registro de asociaciones, a Hacienda y a todos los organismos en los que esté inscrita ese cambio.
Yo le pediría a la entidad que me diesen una copia de los diferentes escrito que envíen, para tu cosntancia.
Si se hacen los remolones o se niegan, yo enviaría al registro de asociaciones un escrito adjuntando la copia de la renuncia ante la asociación, para que tomen nota.
Ante Hacienda, que tiene unos procedimientos muy formalizados, a veces demasiado restringidos, intentaría hacer lo mismo, pero en todo caso por hablar con ellos por teléfono y plantearles el caso te pueden dar otra indicación.
Pero todo ello a lo mejor es innecesario si la entidad es diligente es su cometido. ¡Pero cerciórate de que ello es así para evitar sorpresas en el futuro!