¿Cómo contabilizo la facturación a las empresas que quieran comprarnos un producto que hemos creado para captación de recursos?

Hola Juan Antonio, mi opinión es la siguiente:
No se que quieres decir con “incongruencia de epígrafes”, supongo que es el dilema entre lo que sois (una entidad sin ánimo de lucro) y lo que además quereis hacer (actividad mercantil de edición, impresión, etc, para obtener un artículo que, tras una labor comercial, etc. se venda por un precio y produzca unos resultados positivos). La ética empleada en el uso que a esos resultados positivos le da una asociación sin ánimo de lucro reinvirtiéndolos de una forma clara y transparente en su fin propio, es la única diferencia entre vosotros y una empresa mercantil que fabrica calendarios, los vende y obtiene un beneficio que, en definitiva lo que pretende es retribuir al capital.
Volviendo a tu pregunta, simplemente debeis emitir una factura (en otras consultas están establecidos los requisitos que ha de cumplir una factura y la legislación aplicable). La operación que se está realizando está sujeta y no exenta de IVA al 16%, por tanto teneis que repercutir el IVA. Teneis que presentar una declaración censal de alta en la AEAT y presentar las liquidaciones periódicas que correspondan, estais exentos del IAE (como todo el mundo sabe), y cuidado con el Impuesto de Sociedades.
Saludos