¿En qué fecha debemos realizar el recibo de la donación: en la del contrato de colaboración o en la que entró el dinero?

Hola Carla,
Coincidio con la respuesta de Víctor, aunque habría que ver exactamente en qué consiste ese acuerdo de colabación, es decir, siguiendo el criterio de correlación de ingresos y gastos, qué gastos financia ese ingreso. Dicho de otra manera, si el acuerdo es para ejecutar un proyecto cuyo inicio es el 1 de enero de 2017, entonces en 2016 no reconocerías ningún ingreso, solo un derecho de cobro.

Respondiendo a tu última pregunta, la obligación de quién recibe la donación es emitir un certificado a la persona o empresa que ha realizado esa donación y de informar a la Agencia Tributaria. Por lógica, si la obligación de informar es en enero, puede ser un buen mes en el que emitir un certificado por el total de las cantidades recibidas por esa persona o empresa. No obstante, tampoco pasaria nada, a modo de política de comunicación con tu base asociativa y financiadores, emitirles un certificado por cada aportación.
Saludos.

Salvador
puche29consultoria